L’Assemblea del Consorzio è costituita da 29 componenti eletti tra i membri delle Assemblee dei Comprensori.
I Comprensori A, B, C e D ne eleggono 7 ognuno per un totale di 28.
Un ultimo componente, è nominato in rappresentanza delle associazioni ambientaliste.
Competono all’Assemblea del Consorzio:

1. la deliberazione delle proposte di modifica dello statuto, da sottoporre alla Giunta Regionale per l’approvazione;
2. l’approvazione del bilancio preventivo economico e del bilancio di esercizio, corredato della relazione sull’attività svolta;
3. l’approvazione della dotazione organica e del regolamento del personale;
4. l’approvazione dei piani e dei programmi triennali degli interventi e del relativo elenco annuale, nonché dei criteri per la loro attuazione;
5. la determinazione del perimetro di contribuenza;
6. l’approvazione degli atti che comportano impegni di spesa pluriennali.

Il CdA è composto da 9 membri eletti dall’Assemblea del Consorzio al proprio interno, garantendo la rappresentanza di ciascun comprensorio.

Il CdA predispone gli atti di contabilità nel rispetto di quanto stabilito dalla LR 13/2004 e provvede alla pubblicazione dei bilanci, nonché degli atti adottati, nel sito istituzionale. Oltre alle attribuzioni ad esso espressamente demandate dallo statuto, esercita ogni altra attività non di competenza dell’Assemblea del Consorzio.

Il Presidente è eletto dal Consiglio di Amministrazione.

Spetta al Presidente la rappresentanza legale dell’Ente. Il Presidente presiede l’Assemblea del Consorzio e il Consiglio di Amministrazione e stabilisce l’ordine del giorno dell’adunanza del Consiglio. Coadiuvato dal Direttore, cura i rapporti con le rappresentanze sindacali e definisce i contratti integrativi aziendale sulla base degli indirizzi del Consiglio di Amministrazione. Vigila sull’amministrazione consortile ed assicura che la medesima si svolga nel rispetto delle norme di legge, di regolamento e di Statuto, nonché degli indirizzi e dei programmi stabiliti dagli organi istituzionali del Consorzio. Delibera in caso d'urgenza tale da non consentire la convocazione del Consiglio di Amministrazione, sulle materie di competenza del Consiglio stesso, ad esclusione delle funzioni assegnate al consiglio in relazione al patrimonio, alle licenze e concessioni e agli impegni di spesa autorizzati ai dipendenti consortili.

Le funzioni di revisore dei conti sono svolte da un Revisore Unico, nominato dalla Giunta Regionale tra gli iscritti nel registro di cui al D. Lgs. 27 gennaio 2010, n. 39 (Attuazione della direttiva 2006/43/CE, relativa alle revisioni legali dei conti annuali e dei conti consolidati, che modifica le direttive 78/660/CEE e 83/349/CEE, e che abroga la direttiva 84/253/CEE).